Po walce ze zmartwychwstałym naukowcem Ochiaiem siły Sidonii przypuszczają atak na kolosalny statek klasterowy. Jednak w wyniku zasadzki pustelniaków druga flota ponosi ogromne straty, a Tsumugi musi walczyć o życie. Tymczasem nadciągają armady pomniejszych statków klasterowych. Nagate pozostawia Norio Kunato obronę Sidonii, zaś sam zasiada za sterami gwardy z serii 20, by ruszyć na pomoc swoim przyjaciołom. Nadszedł czas na ostateczną konfrontację!
Prace nad emiterem grawitonów Toha Heavy Industries zostają ukończone, a wojna z pustelniakami wchodzi w ostatnią fazę. Lecz zanim siły Sidonii zmierzą się z Kolosalnym Statkiem Klasterowym, będą musiały stawić czoła odrodzonemu po stu latach Ochiaiowi, który zawładnął świadomością śmiertelnie niebezpiecznej hybrydy.
Po udanej akcji ratunkowej Teruru Ichigayi i bliskim spotkaniu z kolosalnym statkiem klasterowym, Nagate i jego towarzysze wyruszają na kolejną misję. Tym razem czeka ich długa i wyczerpująca podróż na pokładzie nowego krążownika wprost do wnętrza gwiazdy Lem, gdzie mają za zadanie dostarczyć tajemniczy ładunek. Czy pozbawiona wsparcia Sidonii załoga poradzi sobie z hordami pustelniaków, słabnącymi morale i… grasującym po pokładzie podglądaczem?
Po kolejnym zwycięstwie nad Pustelniakami, przychodzi czas na odrobinę odpoczynku dla załogi Sidonii. Jednak podczas gdy Nagate wraz z przyjaciółmi cieszy się chwilą wytchnienia od wojennej codzienności, Ochiai podejmuje próbę spełnienia swojego marzenia. A to może oznaczać zagładę całego statku.
Istota obdarzona ludzkimi uczuciami i zaciekłością pustelniaka…
Z pomocą hybrydy, Tsumugi Shiraui, siłom Sidonii udało się unicestwić Okarynę. Lecz w kosmicznej otchłani czai się przeciwnik, którego potęga przyćmiewa wszystko, z czym do tej pory przyszło im się mierzyć. Czy nowa broń Sidonii zdoła przechylić szalę zwycięstwa na stronę ludzkości?
Pustelniak zdeterminowany, by zniszczyć swoich pobratymców?! Na polu walki pojawia się tajemnicza istota, która może skierować losy wojny na inne tory. Czy jednak ludzie mogą zaufać swojemu nowemu, nieoczekiwanemu sojusznikowi? Tymczasem Tanikaze i siły Sidonii wyposażone w nową serię gward ponownie wyruszają do walki, by raz na zawsze wyeliminować zagrożenie ze strony pomniejszego statku klasterowego zwanego Okaryną.
Bitwa z pustelniakami, kierującymi ogromną asteroidę ku Sidonii, oraz ze Szkarłatną Ćmą – najinteligentniejszą i najbardziej niebezpieczną pośród nich – zmierza do końca. Tymczasem na pokładzie statku Norio Kunato wciela w życie plan, który może okazać się dla Sidonii zbawieniem... albo zagładą.
Czy wznowienie działalności Toha Heavy Industries i rozpoczęcie prac nad nowym modelem gwardy wystarczy, by przechylić szalę zwycięstwa na stronę ludzi?
Pozostały trzy godziny do zagłady Sidonii!
Nowo powstałe pociski przeciwrdzeniowe dały ludzkości nadzieję na zwycięstwo w wojnie z pustelniakami.
Jednak wkrótce pojawia się nowe zagrożenie, ogromna asteroida na kursie kolizyjnym, która wielkością dorównuje statkowi-arce.
Czy siły Sidonii będą w stanie zwyciężyć walkę z czasem, grawitacją, hordami pustelniaków oraz niezwykle przebiegłą i niebezpieczną Szkarłatną Ćmą?
U kresu ludzkości jeden człowiek chwyta za stery srebrnobiałej maszyny bojowej. Tajemnicza rasa pustelniaków zniszczyła system słoneczny. Jedyną nadzieją niedobitków z Ziemi stała się kosmiczna wędrówka na pokładzie Sidonii, ogromnego międzygwiezdnego statku-arki. Kiedy jednak zagrożenie ze strony pustelniaków pojawia się znowu, Nagate Tanikaze, młody kadet wychowany w podziemiach Sidonii, zasiada za sterami legendarnej gwardy i rozpoczyna walkę nie tylko o własne życie, ale...
„Ponieważ jestem rycerzem Sidonii!” Kapitan statku podejmuje decyzję, by rozpocząć działania ofensywne i raz na zawsze wyeliminować zagrożenie ze strony pustelniaków. Na pierwszej linii frontu znów pojawia się Nagate Tanikaze, który niejednokrotnie dał dowód odwagi i zaangażowania, przez co zyskał miano bohatera. Dlaczego jednak zdecydowano się wykorzystać również rezultaty makabrycznych eksperymentów naukowca, który w zamierzchłej przeszłości niemal doprowadził do unicestw...
Czas zagłębić się w historię Sidonii. Dlaczego na pokładzie statku-arki znajduje się zaledwie dwadzieścia osiem ostrokłosów – jedynej broni zdolnej przebić rdzeń pustelniaka? Dlaczego pani kapitan powierzyła Strażnika Dziedzictwa właśnie Nagate? Dlaczego pustelniaki atakują Sidonię? Czy przeszłość statku zakuje Nagate w okowy przeznaczenia?
adet, któremu powierzono legendarną maszynę bojową, w końcu wyrusza do walki. W noc Festiwalu Grawitacji czwórka najlepszych pilotów Sidonii stawia czoła tajemniczej formie życia zwanej pustelniakiem. By uniemożliwić wrogowi dostanie się na pokład, kapitan statku decyduje się na desperacki krok. Wychowany w podziemiach Sidonii Nagate Takanize, ryzykując własnym życiem, rzuca się na ratunek dryfującej w przestrzeni kosmicznej Shizuce Hoshijiro - dziewczynie, którą poznał jako...
