Podobnie jak w „Sklepach cynamonowych”, głównym bohaterem i jednocześnie narratorem „Sanatorium pod klepsydrą” jest Józef, noszący wyraźne podobieństwo do samego autora. Centrum świata Józefa, dojrzewającego nastoletniego chłopca, stanowi małe prowincjonalne miasteczko, w którym można dostrzec współczesny Schulzowi, galicyjski Drohobycz. Rzeczywistość opowiadań swobodnie miesza się z fantastyką. Przedmioty nabierają właściwości istot żywych, zwierzęta uzyskują cechy ludzkie...